入通院期間中だけを考えると、一括払い(任意保険会社が、自賠責分も含めて立て替えてくれる)の方が、楽です。
しかし、後遺障害認定を考えた場合は、被害者請求をするべきです。
よって、症状固定までは、一括払いとしておき、後遺障害認定の手続き部分は、被害者請求で、というのが、被害者さんにとって、最も負担とリスクの少ない手順と言えます。
ただし、被害者の過失が大きい場合は、一括払いが受けられないこともあり、その場合は被害者請求を行い、入通院時の時から、その治療費を自賠責保険から受け取っておくべきと思います。
被害者請求にて後遺障害が認定された場合、先に自賠責保険分が被害者さんに直接支払われますので、残りの損害についてじっくりと任意保険会社と交渉することもできますし、時間をかけて紛争処理センターの利用もできますし、場合によっては、自賠責保険分を弁護士費用に充てて、本格的に戦うこともできます。
なお、被害者請求の時効について、被害者請求権は、傷害による損害については事故日より、死亡による損害については死亡日から、後遺障害による損害については症状固定の日からそれぞれ3年(昔の事故は2年)で時効により消滅することになっているので、注意して下さい。
時効中断の手続きは、保険会社備え付けの2枚複写の時効中断申請書を記入、1枚を提出すれば足ります。
後遺障害の認定については、一括払いのままですと、任意保険会社で手続きをする「事前認定」の手続きがとられることになります。
後遺障害が認定されても、示談がまとまるまでは、後遺障害部分の賠償が全くされないばかりか、次のリンク「諦めかけたむちうち」にあるようなリスクを負うことになります。
この後は、異議申し立てをしたとしても、要らぬ手を打たれてしまっていることもあり、認定は極めて困難となります。