後遺障害診断書に問題があった場合はどうすればよいのでしょうか。

医師によっては、訂正印にて、修正をしてもらえることがあります。

不足を補う場合は、意見書を書いてもらう、セカンドオピニオンを受けるなどの方法があります。

いやらしいと思われることを恐れずに言うなら、専門家を頼る、という方法も。